Déplacer un MySQL à la bourrin fonctionne. Il suffit de copier /var/lib/mysql/ et de faire attention aux permissions (sinon erreur peu compréhensible), puis de reset le mot de passe du compte d'administration Debian (debian-sys-maint) :
dpkg-reconfigure mysql-server-numversion
Le module CGID n'est plus compatible avec Debian Wheezy par défaut à l'installation. Le plus simple pour gérer correctement le PHP est de décommenter la fin du fichier /etc/apache2/mods-available/php5_cgi.conf (lire le commentaire).
$ puppet agent --server puppet.arn-fai.net --pluginsync true --test